Kościół katolicki w Polsce po zakończeniu drugiej wojny światowej znalazł się w wyjątkowo trudnej sytuacji. Władzę w kraju przejęli komuniści gotowi na realizację nie tylko radykalnych przeobrażeń politycznych i społecznych, szaleńczych pomysłów gospodarczych, ale przede wszystkim na walkę z religią. Wielkie znaczenie miało więc budowanie nowoczesnego laikatu katolickiego, wywodzącego się ze środowisk inteligenckich, w pełni świadomego i odpowiedzialnego za zachowanie chrześcijańskiego oblicza Polski. Początkowo działacze laikatu katolickiego, grupowali się wokół "Tygodnika Powszechnego" (wydawanego od marca 1945 r. do marca 1953 r.), "Tygodnika Warszawskiego" (wydawanego od listopada 1945 r. do września 1948 r.) i miesięcznika "Znak" (wydawanego od czerwca 1946 r.). Przełom polityczny, jaki nastąpił jesienią 1956 r., przyniósł wznowienie wydawania "Tygodnika Powszechnego" (od grudnia 1956 r.), powstanie kolejnego czasopisma katolickiego - miesięcznika "Więź" (od lutego 1958 r.) oraz narodziny pięciu Klubów Inteligencji Katolickiej - samotnych wysp na oceanie realnego socjalizmu.

Z początku Klub toruński, podobnie jak krakowski, poznański i wrocławski, miał być tylko oddziałem Ogólnopolskiego Klubu Postępowej Inteligencji Katolickiej z siedzibą w Warszawie, który powstał 27 października 1956 r. Na zjeździe przedstawicieli Klubów 10 marca 1957 r. utworzono Komitet Organizacyjny Związku Klubów Inteligencji Katolickiej. Jednak już 12 kwietnia 1957 r. na walnym zgromadzeniu członków toruńskiego Oddziału zaproponowano i przyjęto nowe brzmienie nazwy Klubu: Klub Inteligencji Katolickiej w Toruniu, zamiast dotychczasowej: Ogólnopolski Klub Postępowej Inteligencji Katolickiej Oddział w Toruniu.

Najmniejszy z pięciu klubów - Klub Inteligencji Katolickiej w Toruniu został formalnie zarejestrowany dopiero 10 lutego 1958 r. Jednak proces budowania stowarzyszenia, kształtowania się jego zasadniczych celów kulturalnych, społecznych i religijnych oraz formowania władz rozpoczął się już pod koniec 1956 i w pierwszych miesiącach 1957 r. Na decyzji centralnych instancji partyjnych o wydaniu zezwolenia na powstanie Klubu zaważyła postawa, w czasie październikowych wydarzeń 1956 r., jego założyciela prof. Karola Górskiego. Wystąpił On z przemówieniem na wieczornym wiecu studenckim w Dworze Artusa namawiając do spokoju. Ponadto stanął wówczas w obronie sekretarza wojewódzkiego PZPR Władysława Kruczka, zasłaniając go przed wzburzonymi studentami własną osobą. Karol Górski stanowił dla studentów autorytet moralny, co niewątpliwie miało wpływ na złożoną mu przez władze w listopadzie 1956 r. propozycję kandydowania do sejmu. Jednak decyzja profesora, ku zaskoczeniu aparatu partyjnego, była odmowna.

Tymczasem rezygnacja z ubiegania się o mandat posła na sejm PRL przez Karola Górskiego była czymś oczywistym, gdyż sprawowanie przez niego funkcji publicznej z nadania reżimu komunistycznego byłoby w wyraźnej sprzeczności do wyznawanego przez Niego systemu wartości, opartego na nauczaniu Kościoła katolickiego. Wobec powyższego profesor skwapliwie zaproponował jednak, by w zamian władze wyraziły zgodę na utworzenie w Toruniu Klubu Postępowej Inteligencji Katolickiej. Propozycję profesora wstępnie zaakceptowano i 7 stycznia 1957 r. ukonstytuował się tymczasowy zarząd Klubu oraz opracowano projekt statutu stowarzyszenia. Pierwszym prezesem Klubu został prof. Karol Górski (do marca 1957 r.), wiceprezesem - Józef Mielcarek, sekretarzem - Krystyna Porębska, a skarbnikiem - Maria Kossakowa. Członkami - założycielami Klubu byli:
1. Karol Górski (1903-1988), profesor historii średniowiecznej UMK, wybitny badacz dziejów Kościoła.
2. Zofia Górska (1904-1966), geograf, żona Karola Górskiego.
3. Konrad Górski (1895-1990), profesor literatury polskiej UMK, wybitny badacz epoki romantyzmu.
4. Zofia Abramowiczówna (1906-1988), profesor filologii klasycznej UMK.
5. Janina Budkowska (1899-1978), adiunkt literatury polskiej UMK.
6. Stefan Strawiński (1921-1995), profesor zoologii UMK.
7. Helena Piskorska (1895-1973), docent archiwistyki.
8. Krystyna Podlaszewska (1926-1996), docent historii UMK.
9. Krystyna Porębska (1919-2006), historyk.
10. Halina Mikułowska (1917-1998), etnograf.
11. Hanna Mastalerz-Wilkans (1920-2001), lekarz.
12. Anna Preibiszowa (1887-1973), księgowa.
13. Juliusz Czaniecki (1899-1975), sędzia.
14. Józef Mielcarek (1895-1976), notariusz.
15. Janusz Bieniak (ur. 1927), profesor historii średniowiecznej UMK.
16. Lech Dubikajtis (ur. 1927), profesor matematyki UMK.
17. Zbigniew Wojtczak (ur. 1925), profesor chemii UMK.
18. Zygmunt Dokurno (ur. 1920), adiunkt historii literatury polskiej UMK.
19. Julia Kryszewska (ur. 1924), asystent literatury polskiej UMK.
20. Janusz Świdziński (ur. 1923), lekarz.

Kolejnymi prezesami KIK-u do połowy lat 60. byli: prof. Konrad Górski (przed 12 kwietnia 1957 r. - 24 lutego 1958 r.), ponownie prof. Karol Górski (24 lutego 1958 r. - 2 maja 1960 r.), doc. dr Helena Piskorska (2 maja 1960 r. - 25 października 1961 r.) oraz ponownie prof. Konrad Górski (25 października 1961 r. - 8 listopada 1966 r.). W 1958 r. Klub liczył 85 członków (w tym 31 zwyczajnych i 54 uczestników), w 1962 r. 71 członków (w tym 23 zwyczajnych i 48 uczestników), w 1964 r. 73 członków (w tym 26 zwyczajnych i 47 uczestników), w 1966 r. 89 członków (w tym 31 zwyczajnych i 58 uczestników).

W pierwszych miesiącach działalności Klubu przystąpili do niego kolejni znani toruńscy naukowcy m. in.: astronom Władysław Dziewulski (1878-1962), filozof Henryk Elzenberg (1887-1967), fizjolog i neurolog Janina Hurynowicz (1894-1967), astronom Wilhelmina Iwanowska (1905-1999), filolog klasyczny Barbara Józefowiczowa (1906-1991), pedagog Kazimierz Sośnicki (1883-1976), artysta malarz i konserwator Leonard Torwirt (1912-1967), etnograf Maria Znamierowska-Prűfferowa (1898-1990).

Pierwsze lata działalności toruńskiego KIK-u, mimo wielu trudności, napawały jednak optymizmem. Tylko w 1958 r. udało się zorganizować cztery otwarte spotkania połączone z odczytami: prof. Konrada Górskiego ("Amore sacro et profano"), prof. Stefana Gumińskiego z Wrocławia ("Istota życia"), prof. Jana Wesołowskiego z Wrocławia ("O wieku wszechświata") oraz prof. Józefa Kostrzewskiego z Poznania ("O pochodzeniu człowieka"). Prężnie działała również sekcja filozoficzno-religijna, dla której ks. dr Bernard Czapliński wygłosił siedem odczytów z filozofii tomistycznej. Sytuacja uległa znacznemu pogorszeniu w pierwszej połowie lat 60., co na pewno miało bezpośredni związek z odbieraniem przez ekipę Władysława Gomułki swobód uzyskanych przez Kościół po 1956 r. Pojawiły się problemy natury organizacyjnej. Wynajmowana przez Klub, w celu przeprowadzenia zebrań dyskusyjnych, sala w Domu Rzemiosła przy ul. Św. Katarzyny 9/11, była wielokrotnie w przededniu spotkania wypowiadana stowarzyszeniu. Jednocześnie coraz częściej wydawane przez Wydział Spraw Wewnętrznych Prezydium Miejskiej Rady Narodowej w Toruniu zezwolenia na odbycie zebrania były cofane w dniu prelekcji. Takie działania władz administracyjnych, inspirowane przez SB, spowodowały odwołanie w 1961 r. odczytów - prof. Zbigniewa Makarczyka, posła "Znaku" Konstantego Łubieńskiego oraz redaktora naczelnego "Tygodnika Powszechnego" Jerzego Turowicza, a w 1962 r. wykładów - Stefana Wilkanowicza ("Ankieta o Soborze") oraz ponownie prof. Zbigniewa Makarczyka ("Encyklika ŤMater et Magistrať"). Udało się wygłosić prelekcje tylko posłowi "Znaku" Stanisławowi Stommie ("Sprawozdanie polityczne wraz z oceną sytuacji międzynarodowej i uwagi na temat sytuacji w kraju"), prezesowi warszawskiego KIK-u i członkowi Rady Państwa PRL Jerzemu Zawieyskiemu ("Paradoksy kultury współczesnej") oraz ks. Leszkowi Kucowi ("Absurd a sens życia"). Podobna sytuacja miała miejsce w 1963 r., kiedy odbyło się tylko jedno zebranie dyskusyjne, na którym poseł Jerzy Zawieyski przedstawił swoje spostrzeżenia z pobytu w Rzymie ("Wrażenia rzymskie"). W roku następnym władze po raz kolejny uniemożliwiły wygłoszenie w Klubie odczytów posłowi Łubieńskiemu i redaktorowi Turowiczowi.

W tej sytuacji spotkania klubowe odbywały się w prywatnych mieszkaniach członków Klubu - dr Janiny Budkowskiej, mec. Marii Frikke, prof. Karola Górskiego, prof. Konrada Górskiego oraz doc. dr Krystyny Podlaszewskiej. Prace Klubu koncentrowały się głównie na zagadnieniach związanych z obradującym wówczas Soborem Watykańskim II. Na bieżąco studiowano podstawowe dokumenty Soboru (konstytucje, dekrety i deklaracje) oraz omawiano najbardziej kontrowersyjne problemy teologiczne poruszane przez ojców Soboru. Dopiero w listopadzie 1965 r., po ponad dwuletniej przerwie, odbyło się zebranie otwarte, podczas którego Stanisława Grabska omówiła fundamentalne zagadnienie Soboru Watykańskiego II dotyczące roli i znaczenia świeckich w Kościele ("Świeccy w Kościele"). W połowie lat 60. większą aktywność przejawiali młodzi członkowie: Stefan Frankiewicz, Irena Makowicz, Zofia Mocarska (obecnie Mocarska-Tycowa) i Andrzej Tyc. Podjęto również nowe inicjatywy - dzieła charytatywno-misyjne - w postaci zbiórki żywności, którą udało się wysłać do placówki misyjnej w Indiach.