Istotnym wydarzeniem dla Kościoła w Polsce, w końcowej fazie obrad Soboru Watykańskiego II, był wystosowany 18 listopada 1965 r. "List biskupów polskich do biskupów niemieckich". Orędzie to było jednym z najważniejszych etapów pojednania polsko-niemieckiego po II wojnie światowej. Dla władz komunistycznych oznaczało, że Kościół pozostaje wciąż niezależną siłą, znajdującą się poza strefą oddziaływania i wpływów reżimu. Władze uważały bowiem, za niedopuszczalne wypowiadanie się biskupów w sprawach dotyczących całości polskiego społeczeństwa i rozpętały kampanię przeciwko autorom listu. W obronę bezpodstawnie atakowanych hierarchów zaangażował się także toruński Klub Inteligencji Katolickiej. Sekretarz Klubu - Stefan Frankiewicz - wziął udział w antyklerykalnym wiecu zorganizowanym przez aparat partyjny. Wobec formułowanych na nim absurdalnych oskarżeń przeciwko biskupom, Frankiewicz zabrał głos i merytorycznie podważył większość stawianych Episkopatowi zarzutów. Postawa sekretarza Klubu w znacznej mierze skompromitowała organizatorów demonstracji oraz obnażyła metody manipulacji społeczeństwa stosowane przy użyciu machiny propagandy komunistycznej.

Druga połowa lat 60. i lata 70. to jednak nie tylko okres powrotu do walki z Kościołem instytucjonalnym, ale przede wszystkim czas wzmożonej inwigilacji i penetracji środowiska laikatu katolickiego przez agenturę SB. Działalność toruńskiego KIK-u była przedmiotem jej szczególnego zainteresowania. Z zachowanym materiałów operacyjnych wynika, że w bezpośrednim otoczeniu członków zarządu i kapelana o. Wołoszyna działało co najmniej trzech tajnych współpracowników. Większe imprezy klubowe, organizowane w duszpasterstwie oo. jezuitów, zabezpieczało nawet sześciu tajnych współpracowników (np. spotkanie generała zakonu o. Pedro Arrupe w maju 1969 r. zabezpieczali: tw. "Andrzejewski", tw. "Bauer", tw. "Janek", tw. "Kazimierz", tw. "Sęp" i tw. "Zbyszek").

Mimo tego typu uciążliwości, w drugiej połowie lat 60., nastąpiła wyraźna aktywizacja stowarzyszenia do której niewątpliwie przyczyniły się dwie osoby. Pierwszą z nich był wspomniany już Stefan Frankiewicz (sekretarz Klubu w latach 1966-1970), blisko związany ze środowiskiem podwarszawskich Lasek oraz miesięcznikiem "Więź". Drugą osobą, jezuita o. Władysław Wołoszyn (kapelan Klubu w latach 1969-1988). Wpływ na kondycję formacyjną miały również lepsze warunki lokalowe, bowiem pomieszczenia dla Klubu użyczyli oo. jezuici. Nie była to jednak sytuacja komfortowa, gdyż status gościa stawiał Klub niejednokrotnie w niezręcznej sytuacji, ponadto zarząd miał świadomość, że obecność KIK-u "pod jezuickim dachem" może narazić zakon na niepotrzebne represje ze strony władz administracyjnych. Dlatego od końca lat 60. KIK podejmował intensywne działania na rzecz uzyskania własnego lokalu. Jeszcze w 1965 r. władze miejskie odmówiły Klubowi przyznania niewielkiego pomieszczenia w podwórzu, przy Rynku Staromiejskim 29. Również bezskuteczne były starania prezesa prof. Konrada Górskiego, sekretarza Stefana Frankiewicza i posła "Znaku" Tadeusza Mazowieckiego, podjęte w 1967 r. w Prezydium Wojewódzkiej Rady Narodowej w Bydgoszczy. Decyzją odmowną zakończyły się także zabiegi o przydzielenie lokalu przy ul. Żeglarskiej 5 (w 1970 r.), przy ul. Kopernika 5 (w 1972 r.) i przy ul. Franciszkańskiej 7 (w 1973 r.). Dopiero rozmowy prowadzone z udziałem przedstawicieli warszawskiego KIK-u, posłów "Znaku" i Dyrektora Urzędu ds. Wyznań min. Aleksandra Skarżyńskiego, spowodowały wydanie pozytywnej decyzji 31 lipca 1974 r. W ten sposób Klub, po kilkunastu latach starań, uzyskał własny lokal przy ulicy Mostowej 10. Jednak długotrwały remont i ograniczone możliwości finansowe stowarzyszenia spowodowały, że regularne spotkania klubowe w nowej siedzibie rozpoczęły się dopiero w październiku 1976 r.

Coraz bardziej wyraźna była współpraca Klubu ze środowiskiem KIK-u warszawskiego. Tylko w latach 1967-1968 we wspólnych obozach dyskusyjno-formacyjnych, organizowanych w Makowie Podhalańskim i Pewli Małej koło Żywca, wzięło udział ponad dwudziestu członków toruńskiego KIK-u (m. in. Zofia Biczyk i Andrzej Tyc). Równie ważnym wydarzeniem integrującym laikat katolicki była audiencja udzielona 22 maja 1971 r. przedstawicielom pięciu Klubów, redakcji "Tygodnika Powszechnego", "Więzi", "Znaku", ODISS-u oraz posłom "Znaku" przez prymasa Stefana kard. Wyszyńskiego. Klub toruński reprezentował ówczesny prezes - prof. Janusz Bieniak i członek zarządu - Michał Muzalewski. Innym wyrazem jedności środowisk KIK-owskich z grupą posłów "Znaku" był list z 17 stycznia 1976 r. będący protestem wobec zamierzeń władz państwowych dążących do umieszczenia w konstytucji PRL serwilistycznych zapisów wobec ZSRR. Ze strony toruńskiego KIK-u jego sygnatariuszem był prezes Andrzej Tyc. W pierwszej połowie lat 70. zainicjowane zostały kontakty Klubu z organizacjami katolickimi i ewangelickimi działającym w Europie Zachodniej. Na przełomie marca i kwietnia 1973 r. na zaproszenie Katholischer Akademikerverband przebywał w RFN prezes Klubu - prof. Janusz Bieniak, także w kwietniu 1973 r. miała miejsce wizyta w Toruniu przedstawiciela Centralnego Komitetu Katolików Niemieckich dr Marii Lűcker z Bonn. Natomiast w sierpniu 1973 r., na zaproszenie KIK-u, przyjechała grupa studentów protestanckich ze Stanów Zjednoczonych i członkowie organizacji katolickiej La Vie Nouvelle z Francji, zaś w październiku studenci i nauczyciele skupieni w katolicko-ewangelickim Duszpasterstwie Akademickim w Paderborn (RFN). Klub podejmował w dalszym ciągu akcje charytatywne, m. in. w 1970 r. zorganizował zbiórkę pieniężną na rzecz ofiar trzęsienia ziemi w Peru i powodzi w Rumunii.

Stowarzyszenie wzrastało również liczebnie. W 1968 r. liczyło 106 członków (w tym 66 zwyczajnych i 40 uczestników), w 1970 r. 130 członków (w tym 87 zwyczajnych i 43 uczestników), w 1977 r. 143 członków (w tym 96 zwyczajnych i 47 uczestników), a w 1978 r. już 157 członków (w tym 85 zwyczajnych i 72 uczestników). Początkowo bardzo skromna biblioteka Klubu, z upływem czasu systematycznie powiększała się. Katalogowaniem oraz wypożyczaniem książek niestrudzenie zajmowały się najpierw Anna Preibiszowa, a następnie Anna Ptaszyńska. W omawianym okresie Klub Inteligencji Katolickiej gościł wielu znakomitych prelegentów. Wśród nich należy wymienić przede wszystkim: historyka prof. Władysława Bartoszewskiego, pisarza i dramaturga Romana Brandstaettera, historyka i publicystę Bohdana Cywińskiego, biblistę ks. prof. Michała Czajkowskiego, prozaika i publicystę Stefana Kisielewskiego, abp Adama Kozłowieckiego z Zambii, biblistę ks. prof. Henryka Muszyńskiego, dominikanina o. Jacek Salija, filozofa ks. prof. Andrzeja Szostka, fenomenologa ks. prof. Józefa Tischnera, poetę ks. Jana Twardowskiego, pisarza Wiktora Woroszylskiego oraz historyka sztuki prof. Jacka Woźniakowskiego.

Ważnym elementem życia formacyjnego klubowiczów, była ich przynależność i praca w różnorodnych sekcjach. Najstarszą i najliczniejszą sekcją była sekcja życia wewnętrznego, którą kierowała nieprzerwanie, aż do swojej śmierci w listopadzie 1978 r., dr Janina Budkowska. Opiekunem sekcji był jezuita o. Julian Piskorek. Sekcją rodzin kierowała natomiast Stefania Bieniak (żona prezesa - prof. Janusza Bieniaka). Sekcja rodzin organizowała m. in. na terenie toruńskich parafii odczyty i prelekcje na tematy związane z funkcją wychowawczą rodziny, a w okresie Świąt Bożego Narodzenia przygotowywała paczki z podarunkami dla dzieci z biednych rodzin. Podejmowała także pionierskie, w skali diecezji, inicjatywy w postaci adwentowych i wielkopostnych rekolekcji dla małżeństw oraz małżeńskich dni skupienia prowadzonych przez ks. dr Andrzeja Santorskiego z Izabelina. Kolejną sekcją zwaną filozoficzną, bądź kultury, kierował początkowo dr Stefan Frankiewicz, następnie Andrzej Tyc, a w późniejszym okresie Barbara Rojek. Wówczas opiekę naukową nad nią sprawowała Zofia Mocarska-Tycowa. Przedmiotem prac sekcji były zagadnienia z pogranicza kultury, filozofii i poezji. Z czasem z sekcji kultury wyodrębniła się samodzielna sekcja teologiczna, którą prowadził Andrzej Tyc. Wiele osobistego poświęcenia i wysiłku było udziałem członków sekcji pomocy społecznej, którą kierował Tadeusz Chodziński. Przykładem szczególnego zaangażowania członków Klubu, na rzecz popularyzacji naturalnych metod poczęć oraz obrony nienarodzonych dzieci, było małżeństwo lekarzy - Barbary i Jerzego Matyjków. Barbara Matyjek kierowała w drugiej połowie lat 70. sekcją prelegentów, w ramach, której przygotowywano wykłady i pomoce naukowe. Jej mąż - dr Jerzy Matyjek - był inicjatorem i kierownikiem sekcji studiów społecznych, podejmującej badania nad społeczną nauką Kościoła.

Ożywienie działalności klubowej, jakie nastąpiło w połowie lat 70., należy łączyć z prezesurą Andrzeja Tyca (16 grudnia 1973 r. - 5 marca 1977 r.). Nowy prezes w chwili wyboru miał 31 lat, co zapoczątkowało wymianę pokoleniową w Klubie. Do młodej generacji działaczy należeli również: Jan Adamiak, Zofia Biczyk, Ewa Gąsiorowska, Roman Gąsiorowski, Sylwester Kabat, Bogdan Major, Barbara Rojek i Jan Wyrowiński. Ogromne znaczenie dla toruńskiego KIK-u miał wybór 16 października 1978 r. Karola kard. Wojtyły, arcybiskupa metropolity krakowskiego, na Stolicę Piotrową. W uroczystej inauguracji pontyfikatu Papieża-Polaka, 22 października 1978 r., jako gość honorowy wziął udział prezes Klubu dr Jerzy Matyjek. Niewątpliwe wielkim wyróżnieniem było miejsce jakie zostało mu wyznaczono - w sektorze specjalnym przeznaczonym dla koronowanych głów i przywódców państw.