Rozkwit działalności klubowej przerwały dramatyczne wydarzenia, związane z wprowadzeniem stanu wojennego w nocy z 12 na 13 grudnia 1981 r. W ramach operacji "Jodła" internowano osoby "zagrażające bezpieczeństwu państwa i porządkowi publicznemu PRL". Doszło wówczas do zatrzymania i internowania większości członków zarządu Klubu. Prezes - Jerzy Matyjek przewieziony został do ośrodka internowania w Jaworzu koło Kalisza Pomorskiego, wiceprezesi - Andrzej Tyc do Potulic, zaś Jan Wyrowiński do Potulic, a następnie do Strzebielinka, natomiast sekretarz Klubu Sylwester Kabat do Potulic. Ponadto zatrzymanych zostało wielu innych członków KIK-u, nie piastujących żadnych funkcji w zarządzie, ale będących aktywnymi działaczami NSZZ "Solidarność". Do grupy tej należeli: Wiesław Cichoń, Maria Kokot, Andrzej Skowroński, Stanisław Śmigiel. Ponadto, w następnych dniach, zatrzymani zostali: Andrzej Sobkowiak (14 grudnia), Jerzy Łapkiewicz (15 grudnia) i Andrzej Wiskirski (16 grudnia). Nietypowy przebieg miało zatrzymanie Jana Wyrowińskiego. Gdy krótko po północy w mieszkaniu wiceprezesa toruńskiego KIK-u pojawili się funkcjonariusze SB był on sam z dwójką małych dzieci. Żona lekarz - pediatra przebywała wówczas na dyżurze w szpitalu. Funkcjonariusze zaproponowali, więc Wyrowińskiemu podpisanie oświadczenia o stawieniu się rano w komendzie MO po powrocie do domu żony i zapewnieniu przez nią opieki dzieciom. Wyrowiński chętnie przystał na tą ofertę. Mimo propozycji ukrycia się na wsi na Mazowszu, składanych przez Jana Adamiaka, Jan Wyrowiński wczesnym rankiem stawił się w komendzie MO i został natychmiast internowany.

Gdy czołowi członkowie zarządu przebywali w obozach internowania, SB wezwało na przesłuchanie skarbnika zarządu Jana Adamiaka. Podczas przesłuchania funkcjonariusz SB zaproponował Adamiakowi utworzenie nowego zarządu Klubu i objęcie w nim funkcji prezesa. Ponadto prowadzący rozmowę oficer sugerował, że sprawa objęcia przez niego prezesury w toruńskim KIK-u była już przedmiotem ustaleń pomiędzy szefem SB w województwie toruńskim a biskupem Marianem Przykuckim. Jan Adamiak zdecydowanie odmówił, mając świadomość konsekwencji, jakie mogłyby nastąpić w momencie zanegowania przez niego mandatu aktualnego zarządu. Jednocześnie stwierdził, że wszelkie prawomocne decyzje może podjąć tylko obecny zarząd Klubu w całości. Podobną politykę władze stosowały także wobec klubów w innych miastach, wywierając naciski na zmianę składów zarządów. Wśród wielu represyjnych rozporządzeń wydanych przez władze terenowe w pierwszych dniach stanu wojennego w Toruniu, było zarządzenie wojewody toruńskiego z dnia 14 grudnia 1981 r. zawieszające działalność Klubu Inteligencji Katolickiej w Toruniu. Na mocy powyższego aktu całość majątku stowarzyszenia przejął w zarząd i użytkowanie terenowy organ administracji państwowej stopnia wojewódzkiego. Dwa dni później 16 grudnia, w lokalu Klubu przy ulicy Mostowej 10 pojawili się czterej przedstawiciele Urzędu Miejskiego w Toruniu. Urzędnicy sporządzili szczegółowy protokół z przejęcia lokalu Klubu, skrupulatnie wymieniając cały dobytek stowarzyszenia.

Tego samego dnia oficer wydziału IV toruńskiej SB ppor. Marek Kuczkowski, przeprowadził rozmowę sondażowo-ostrzegawczą z kapelanem Klubu o. Władysławem Wołoszynem. Do czerwca 1982 r. Kuczkowski wzywał go kilka razy do Komendy Wojewódzkiej MO. W dniu 31 grudnia 1982 r. esbek złożył "wniosek o zezwolenie opracowania kandydata na tajnego współpracownika", a następnie dnia 21 stycznia 1983 r. dokonał "pozyskania tajnego współpracownika" o kryptonimie "Myśliciel". Badający sprawę toruńskiego zakonnika prof. Wojciech Polak stwierdził jednoznacznie, że oficer SB wielokrotnie świadomie dokonał sfałszowania dokumentacji służbowej, podając nieprawdziwe informacje dotyczące rzekomej współpracy o. Wołoszyna. Sam akt "pozyskania" nastąpił bez wiedzy i zgody Wołoszyna. Również śledztwo prowadzone przez Instytut Pamięci Narodowej, a następnie postępowanie sądowe w latach 2006-2007, potwierdziło fakt fałszowania przez funkcjonariusza SB Marka Kuczkowskiego dokumentacji operacyjnej zawartej w teczce tw. "Myśliciela".

Działania interwencyjne w obronie internowanych członków KIK-u bardzo szybko podjęła kuria diecezji chełmińskiej. W dniu 22 grudnia 1981 r. biskup Marian Przykucki wystosował list do "Wojewódzkiego Komisarza Wojennego". Apelował w nim o zwolnienie działaczy i członków Klubu Inteligencji Katolickiej w Toruniu: Sylwestra Kabata, Marii Kokot, Jerzego Łapkiewicza, Jerzego Matyjka, Andrzeja Sobkowiaka, Andrzeja Skowrońskiego, Andrzeja Tyca, Andrzeja Wiskirskiego i Jana Wyrowińskiego.

W ośrodkach internowania wielokrotnie podejmowano rozmowy operacyjne z internowanymi działaczami toruńskiego KIK-u, próbowano również wpłynąć na ich postawy poprzez najbliższą rodzinę, czego przykładem są np. kilkakrotne prowadzone rozmowy z żoną Andrzeja Tyca - Zofią Mocarską-Tycową. W drugiej połowie stycznia 1982 r. dwaj członkowie Klubu: Zofia Mocarska-Tycowa i Jan Adamiak, udali się do Warszawy i przedstawili prof. Stanisławowi Stommie - przewodniczącemu Prymasowskiej Rady Społecznej, raport o internowanych zawierający wykaz zatrzymanych w całym regionie toruńskim.

Interwencje ordynariusza chełmińskiego na rzecz uwięzionych członków KIK-u musiały jednak nie pozostać bez odzewu, gdyż już 23 grudnia 1981 r. zwolniono Andrzeja Skowrońskiego, 24 grudnia 1981 r. Marię Kokot, 14 stycznia 1982 r. Sylwestra Kabata, 23 lutego 1982 r. Jerzego Matyjka, a 27 lutego 1982 r. Andrzeja Tyca. Najdłużej pozostał internowany Jan Wyrowiński, który opuścił obóz w Strzebielinku dopiero 29 kwietnia 1982 r. Przykładem zaangażowania społecznego członków KIK-u w okresie stanu wojennego był ich szeroki udział w pracach powołanego 1 lutego 1982 r. Rejonowego Komitetu Pomocy Osobom Pozbawionym Wolności, Zwolnionym z Pracy i ich Rodzinom. W skład komitetu weszli m. in.: Jan Adamiak, Katarzyna Łopuska, Barbara Matyjek, Maria Olechnowicz, Krystyna Podlaszewska i Barbara Rojek.

Pod koniec lutego 1982 r. po zwolnieniu z obozów internowania, pierwszych członków zarządu toruńskiego KIK-u, prezes dr Jerzy Matyjek rozpoczął starania o wznowienie działalności Klubu. Nie przynosiły one jednak pożądanych rezultatów. Na pismo Jerzego Matyjka z 30 sierpnia 1982 r. w sprawie przywrócenia legalnego działania stowarzyszenia dyrektor Wydziału Społeczno-Administracyjnego w Urzędzie Wojewódzkim - Andrzej Radomski odpowiedział odmownie, nie podając żadnego uzasadnienia. Sprawa reaktywowania Klubu była także przedmiotem rozmowy ordynariusza chełmińskiego bp Mariana Przykuckiego z wojewodą toruńskim Stanisławem Trokowskim w dniu 15 listopada 1982 r. Władze, jako warunek wydania zgody na wznowienie działalności stowarzyszenia, domagały się ustąpienia niektórych zaangażowanych politycznie członków zarządu. Działania te miały zapewne na celu wprowadzenie do zarządu osób "sterowanych i kontrolowanych" przez SB, a tym samym przejęcie pełnej kontroli nad działaniami, inicjatywami i zamierzeniami Klubu. Podobne żądania sformułował również dyrektor Wydziału ds. Wyznań w Urzędzie Wojewódzkim w Toruniu. 1 grudnia 1982 r., określił rezygnację prezesa - Jerzego Matyjka i dwóch wiceprezesów - Andrzeja Tyca oraz Jana Wyrowińskiego na okres 1 roku, jako podstawowy warunek wznowienia działalności Klubu. Nowy zarząd tworzyliby pozostali dotychczasowi jego członkowie, którzy spośród siebie mieli wyłonić władze Klubu. W ten sposób ukonstytuowany nowy zarząd stowarzyszenia miał działać przez okres jednego roku. Kolejne wybory miały odbyć się już bez ograniczeń personalnych.

Żądania te zostały przyjęte przez zarząd Klubu na posiedzeniu w dniu 2 grudnia 1982 r. w obecności ordynariusza bp Przykuckiego i przy Jego pełnej akceptacji. Jednak na początku stycznia 1983 r. dyrektor Wydziału ds. Wyznań w Urzędzie Wojewódzkim w Toruniu wycofał się ze stawianych wcześniej żądań, dążąc do zakończenia sprawy toruńskiego KIK-u - ostatecznego rozwiązania organizacji.

W dniu 12 maja 1983 r. wiceprezydent Torunia Marek Markiewicz wydał decyzję o rozwiązaniu Klubu Inteligencji Katolickiej w Toruniu. W odpowiedzi na decyzję wiceprezydenta ordynariusz chełmiński bp Przykucki skierował 16 maja 1983 r., pismo do wojewody toruńskiego, w którym pisał, iż jako biskup Torunia określa fakt rozwiązania KIK-u jako krzywdę, wyrządzoną Diecezji Chełmińskiej. Również odwołanie do wojewody toruńskiego złożone przez zarząd Klubu 26 maja 1983 r. nie przyniosło rezultatów. Kolejna decyzja wojewody toruńskiego z dnia 7 czerwca 1983 r. utrzymała w mocy zaskarżoną przez zarząd decyzję. Następne pisma, w tym protest wystosowany 15 lipca 1983 r. do Ministerstwa Spraw Wewnętrznych oraz odwołanie z 17 sierpnia 1983 r. skierowane do wojewody toruńskiego, nie przyniosły pożądanych skutków. Nie przyniosły też efektu interwencje sekretarza Episkopatu Polski abp. Bronisława Dąbrowskiego, a pismo bpa Mariana Przykuckiego, z dnia 8 sierpnia 1983 r., kierowane do wojewody toruńskiego spotkało się z bezczelną odpowiedzią. Wojewoda toruński Stanisław Trokowski napisał w nim, iż doceniając szczególną troskę biskupa o środowiska inteligencji katolickiej miasta Torunia jest gotów omówić sprawę ich działalności na rzecz stabilizacji społecznej, pokoju wewnętrznego oraz rozwoju socjalistycznej Ojczyzny - przy najbliższym spotkaniu.