Koncesjonowane wybory do sejmu i w pełni wolne wybory do senatu 4 czerwca 1989 r. przyniosły miażdżące zwycięstwo kandydatom Komitetu Obywatelskiego NSZZ "Solidarność" (do sejmu weszli Jan Wyrowiński i Krzysztof Żabiński, natomiast do senatu prof. Alicja Grześkowiak i prof. Stanisław Dembiński). Zmiany polityczne i społeczne nabierały co raz szybszego tempa. 24 sierpnia 1989 r. na urząd premiera desygnowany został Tadeusz Mazowiecki - działacz i publicysta katolicki, jeden z współzałożycieli Klubu Inteligencji Katolickiej w Warszawie oraz redaktor naczelny miesięcznika "Więź" (1958-1981). Rozpoczął się trudny, kilkuletni proces odbudowy niepodległości i suwerenności Polski, w którym czołową rolę mieli odegrać działacze laikatu katolickiego. 1 października 1989 r. walne zebranie członków Toruńskiego Klubu Katolików uchwaliło powrót do historycznej nazwy: Klub Inteligencji Katolickiej w Toruniu.

Potrzeba budowy społeczeństwa obywatelskiego zrodziła wśród działaczy KIK-u pomysł zorganizowania wykładów, które miały być próbą odpowiedzi na najbardziej kluczowe problemy moralne i społeczne. Wiosną 1990 r. zainicjowano cykl wykładów i spotkań dyskusyjnych: "Miejsce i rola środowisk katolickich w społeczeństwie pluralistycznym". Wśród poruszanych zagadnień szczególne frapujące były referaty: "Demokracja przekleństwem czy szansą dla Kościoła w Polsce?" (Andrzej Tyc), "Działalność samorządowa jako wyraz chrześcijańskiej etyki społecznej" (Jan Wyrowiński), "Polska państwem katolickim czy neutralnym wobec wartości?" (Jarosław Zaremba), "Wiara, etyka, polityka" (Wojciech Daniel), "Wartości chrześcijańskie a konstytucja" (Marian Grabowski). Podobną problematykę poruszały prelekcje wygłoszone w 1993 r.: "Czy państwo powinno wychować obywatela" (Andrzej Tyc) i "Katolicyzm a życie publiczne" (Stefan Frankiewicz).

Do nowych inicjatyw Klubu należało zorganizowanie w 1992 i 1993 r. Konkursu Wiedzy Religijnej dla uczniów szkół ponadpodstawowych, warsztatów literackich dla młodych poetów oraz Konkursu Poetyckiego Młodych. Pokłosiem tego ostatniego był wydany przez Klub tomik poezji: "Lasy podmokłe ziołami. Antologia pokonkursowa poezji". Warto także odnotować realizowany w latach 1995-1999 cykl kilkudziesięciu wykładów zatytułowany: "Czytając Katechizm Kościoła Katolickiego", współorganizowane z UMK i WSD sympozjum poświęcone encyklice Jana Pawła II "Fides et Ratio" w kwietniu 1999 r., czy konkurs dla młodzieży akademickiej "Jan Paweł II - świadek nadziei" rozpisany w związku z obchodami Dnia Papieskiego w październiku 2002 r.

W pierwszej połowie lat. 90. w Klubie działały następujące sekcje: charytatywna, nauki społecznej Kościoła, rodzin, Współpracy z Polonią Zagraniczną oraz grupa samokatechizująca. Sekcja rodzin oprócz organizacji spotkań świątecznych dla dzieci i wypoczynku w czasie wakacji letnich, rozpoczęła prowadzenie poradni dla rodziców, w której można było znaleźć fachową pomoc ze strony pedagoga bądź psychologa. Szczególnie prężnie działała sekcja Współpracy z Polonią Zagraniczną kierowana przez Ryszarda Konikiewicza. W 1990, 1991 i 1992 r. sekcja ta zorganizowała trzytygodniowe letnie kursy teologiczne dla katechetów - Polaków z Litwy (Wilno i Wileńszczyzna) oraz Białorusi (Grodno, Mińsk i Mohylewszczyzna). Kursy te udało się zorganizować dzięki uzyskaniu subwencji od Stowarzyszenia "Wspólnota Polska" oraz ofiarnej, społecznej pracy wykładowców (zarówno księży, jak i świeckich). Łącznie we wszystkich edycjach kursu katechetycznego wzięło udział ponad 100 naszych rodaków zamieszkujących dawne Kresy Wschodnie. Ponadto w 1990 r. członkowie sekcji ufundowali i przekazali bp. Tadeuszowi Kondrusiewiczowi z Grodna paramenty i szaty liturgiczne oraz kilkadziesiąt egzemplarzy Pisma św., książeczek do nabożeństwa w języku polskim i dewocjonaliów. Latem 1993 r. sekcja Współpracy z Polonią Zagraniczną, przy współudziale Towarzystwa Przyjaciół Wilna i Wileńszczyzny, przeprowadziła szkolenie muzyczne dla organistów z Białorusi.

W drugiej połowie lat 90. nastąpił rozkwit działalności charytatywnej. W latach 1994-1999 Klub wspomagał finansowo obozy dla dzieci ze środowisk zagrożonych w Beskidzie Żywieckim, obozy młodzieży polskiej i harcerzy z Białorusi, w tym udział młodzieży z Białorusi w ogólnopolskim zlocie harcerzy w Gnieźnie latem 2000 r. Ponadto stowarzyszenie ufundowano kilka stypendiów specjalnych m.in. dla pochodzącej z Ukrainy uczennicy Szkoły Sióstr Urszulanek SJK w Pniewach, studentki UMK pochodzącej z Białorusi oraz kleryka WSD. Mimo pojawiających się od początku XXI w. trudności finansowych, związanych z co raz mniejszymi dotacjami uzyskiwanymi za pośrednictwem warszawskiego KIK-u, nie zaprzestano również wspierania dzieł misyjnych. Szczególną opieką toruński KIK otoczył o. Józefa Matyjka SI, misjonarza pracującego od 1992 r. na Czarnym Lądzie, w Zambii. Dzięki zbiórce zorganizowanej wśród członków i sympatyków Klubu udało się m. in. sfinansować budowę 32-metrowej głębokości studnię w miejscowości Kitwe (w pobliżu granicy z Zairem), w której o. Matyjek sprawował posługę duszpasterską do 1997 r. Comiesięczne zbiórki wspierające obecną placówkę misyjną o. J. Matyjka w Mumbwa (środkowa Zambia) kontynuowane są aktualnie w czasie mszy formacyjnych. W latach 1994-1996 w KIK-u działał także Zespół Synodalny, którego członkowie podjęli systematyczne studia nad najnowszymi dokumentami Kościoła, w tym tekstami roboczymi II Polskiego Synodu Plenarnego (1991-1999). Brali również aktywny udział w diecezjalnych i ogólnopolskich spotkaniach synodalnych. Chlubą Klubu była jego biblioteka. W latach 1989-2005 opiekowali się nią kolejno: Anna i Otton Kulikowscy, Maria Kuliczkowska, Feliks Manikowski i Ewa Zduńska. W 1991 r. liczyła ona 4.200 tomów, w 1994 r. 4.800 tomów, a w 2005 r. - w chwili przekazania jej zbiorów bibliotece Wydziału Teologicznego UMK - już ponad 5.000 tomów.

Zaangażowanie polityczne czołowych działaczy Klubu spowodowało, iż kilkakrotnie dochodziło do zmian składu zarządu w trakcie trwania jego kadencji. Do 1 października 1990 r. prezesem KIK-u był prof. Andrzej Tyc, od 1 października 1990 r. do 1 grudnia 1991 r. dr Jerzy Matyjek, od 1 grudnia 1991 r. do 16 kwietnia 1994 r. Krystyna Porębska, natomiast od 16 kwietnia 1994 r. do dnia dzisiejszego jest dr Cecylia Iwaniszewska. W tym czasie wielokrotnie dochodziło również do zmiany kapelanów Klubu. Podtrzymywana była jednak tradycja piastowania tej funkcji przez o.o. Jezuitów. Po przeniesieniu o. Władysława Wołoszyna SI we wrześniu 1988 r. do domu zakonnego w Poznaniu i objęciu przez Niego kierownictwa Studium Myśli Chrześcijańskiej, w październiku 1989 r. kapelanem KIK-u został o. Zdzisław Wojciechowski. Kolejnymi opiekunami duchowymi stowarzyszenia byli: publicysta i poeta o. Wacław Oszajca SI (1992-1994), następnie o. Tomasz Gebhardt SI (1994-1995), p.o. kapelana o. Feliks Dziadczyk SI (1995-1996), o. Krzysztof Fiałkowski SI (1996-1999), o. Leszek Gołębiewski SI (1999-2002), o. Rafał Zarzeczny (2002-2005). Od jesieni 2005 r. funkcję kapelana Klubu sprawuje superior o. Wiesław Kulisz SI.

Wielu dawnych i obecnych członków Klubu Inteligencji Katolickiej w Toruniu obrało w latach 90. drogę kariery politycznej (zarówno szczebla centralnego, jak i lokalnego). Kilku z nich stało się również animatorami nowych formacji katolickich, powstałych po utworzeniu w 1992 r. Diecezji Toruńskiej. Do najbardziej znaczących postaci należy zaliczyć:
- dr Jana Adamiaka, przewodniczącego Rady Miasta Torunia (1990-1994), Przewodniczącego Wojewódzkiego Sejmiku Samorządowego (1994-1998), działacza Stronnictwa Konserwatywno-Ludowego, a od 2002 r. Platformy Obywatelskiej;
- Zofię Biczyk - radną miasta Torunia (1990-1994), działaczkę Unii Demokratycznej (od 1990 r.) i Unii Wolności (od 1994 r.);
- dr Wojciecha Daniela - działacza Porozumienia Centrum, rzecznika prasowego Naczelnej Izby Kontroli, ostatniego wojewodę toruńskiego (1997-1998);
- dr Stefana Frankiewicza - redaktora naczelnego miesięcznika "Więź" (1989-1995), ambasadora RP przy Stolicy Apostolskiej oraz ambasadora przy Suwerennym Rycerskim Zakonie Kawalerów Maltańskich (1995-2001), jednego z głównych negocjatorów konkordatu ze Stolicą Apostolską zawartego w dniu 28 lipca 1993 r. S. Frankiewicz pełniąc funkcję ambasadora brał aktywny udział w procesie jego ratyfikacji (23 lutego 1998 r.) i wymianie dokumentów (25 marca 1998 r.);
- Ryszarda Konikiewicza - radnego miasta Torunia (1990-1994), działacza Stronnictwa Konserwatywno-Ludowego, a od 2002 r. Platformy Obywatelskiej;
- Bogdana Majora - Przewodniczącego Rady Miasta Torunia (1994-2002), działacza Akcji Wyborczej Solidarność, prezesa (2003-2006) i wiceprezesa (od 2006 r.) Stowarzyszenia Rodzin Katolickich Diecezji Chełmińskiej;
- dr Jerzego Matyjka - posła (1991-1993), działacza Zjednoczenia Chrześcijańsko-Narodowego, radnego miasta Torunia (1998-2002) oraz członka - założyciela Stowarzyszenia Rodzin Katolickich Diecezji Chełmińskiej;
- prof. Andrzeja Tyca - wojewodę toruńskiego (1990-1992), senatora (1991-1993), działacza Unii Demokratycznej i Unii Wolności;
- Jana Wyrowińskiego - posła (1989-2001 i 2005-2007), senatora (od 2007 r.), działacza Unii Demokratycznej i Unii Wolności. Aktualnie czołowego działacza Platformy Obywatelskiej w Toruniu.

Przez ponad 30 lat siedzibą toruńskiego KIK-u był lokal, na I piętrze, w kamienicy przy ulicy Mostowej 10. W latach 1989-2005 Klub nieodpłatnie udzielał w nim gościny, wielu organizacjom i stowarzyszeniom, m. in.: Forum Rodziców, Klubowi Turystyki Górskiej "Karpaty", Kręgowi Harcerskiemu Seniorów ZHP, Rodzinie Katyńskiej, Towarzystwu Odpowiedzialnego Rodzicielstwa, Towarzystwu Opieki nad Zwierzętami, Towarzystwu Pomocy Bliźnim, Związkowi Harcerstwa Rzeczypospolitej i Związkowi Sybiraków. Wiosną 2005 r. wobec wysokich kosztów jego utrzymania podjęto decyzję o rezygnacji z tej siedziby. Pomocna dłoń w stronę KIK-u wyciągnął wówczas ordynariusz toruński bp Andrzej Suski, użyczając mu siedziby w Centrum Dialogu Społecznego. To w nim, od października 2005 r., odbywają się msze św. i cotygodniowe spotkania klubowe.

Klub Inteligencji Katolickiej w Toruniu będąc najstarszym stowarzyszeniem laikatu katolickiego na terenie Pomorza Nadwiślańskiego pozostaje znakiem obecności w polskim Kościele formacji intelektualnej, głęboko zaangażowanej w dzieło realizacji reform Soboru Watykańskiego II. Działacze i członkowie tego stowarzyszenia od ponad półwieku nie unikają wyzwań, jakie rzuca katolikom współczesny świat. Ich postawa naznaczona jest ewangeliczną troską o Kościół, Jego pasterzy i dobro każdego człowieka.